有限责任公司股东原则上按出资比例行使表决权，这是法定默认规则；但公司章程可作例外规定，且章程规定的效力优先。

         根据《中华人民共和国公司法》第六十五条，股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。该条确立了有限责任公司表决权计算的基本原则。其规范含义在于：第一，表决权的计算基准是“出资比例”，而非人数或其他标准。出资比例通常指认缴出资比例，但若股东未按期足额缴纳出资，公司可依据章程或股东会决议限制其相应的表决权（此点需结合其他规则，但本条本身未作规定）。第二，“按照出资比例行使表决权”是法定默认规则，即只要公司章程未作特别约定，即应适用。第三，但书条款赋予公司章程极大的自治空间，允许章程“另有规定”，例如规定“一人一票”、按实缴出资比例、或按特定事项设置不同表决权权重等。章程的此类规定，效力优先于法定默认规则。

         有限责任公司股东会决议的通过门槛因决议事项性质而异：普通决议需经代表过半数表决权的股东通过，特别决议（修改章程、增资、减资、合并、分立、解散、变更公司形式）需经代表三分之二以上表决权的股东通过。计算基数为公司全部表决权总数，而非出席会议的表决权数。

         根据《《中华人民共和国公司法》》第六十六条，股东会作出决议，应当经代表过半数表决权的股东通过。股东会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，应当经代表三分之二以上表决权的股东通过。该条确立了有限责任公司股东会决议的两种通过门槛。其规范含义在于：第一，普通决议的通过门槛是“代表过半数表决权的股东通过”。这里的“过半数”是指超过公司全部表决权总数的二分之一，而非出席会议的表决权数（与股份有限公司不同，见《中华人民共和国公司法》第一百一十六条）。第二，特别决议事项法定列举为五项：修改公司章程、增加注册资本、减少注册资本、公司合并、公司分立、公司解散、变更公司形式。该列举为封闭式，但公司章程可在此基础上增加其他需要特别决议的事项。第三，“三分之二以上”包括本数，即达到三分之二即满足要求。第四，本条中的“表决权”基数，应依据《中华人民共和国公司法》第六十五条确定的各股东表决权数计算。

         公司章程可以就表决权行使方式作出不同于法定默认规则的安排，且章程规定的效力优先。但章程规定须经合法程序制定或修改，且不得违反法律强制性规定、不得损害股东固有权利或违反股东平等原则。

         根据《中华人民共和国公司法》第六十五条但书条款，股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。该但书是有限责任公司章程自治的核心体现。其规范含义在于：第一，公司章程可以完全排除“按出资比例行使表决权”的法定规则，例如规定“股东会会议由股东按照一人一票行使表决权”，或规定“股东会会议由股东按照实缴出资比例行使表决权”，或规定“特定事项由特定股东独立表决”等。第二，章程的此类规定，其效力优先于法定默认规则。第三，章程的此类规定，必须通过合法程序制定或修改（经代表三分之二以上表决权的股东通过，见《中华人民共和国公司法》第六十六条第三款）。第四，章程的此类规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害股东的基本权利（如知情权、利润分配请求权等）。

         以上三个问题分别从法定默认规则、决议通过门槛、章程例外安排三个层面，分析了股东持股比例在股东会表决权中的法律意义。核心结论是：有限责任公司股东原则上按出资比例行使表决权，但章程可作例外规定且效力优先；决议通过门槛因事项性质而异，计算基数为全部表决权总数；章程例外规定须经合法程序且不违反强制性规定。